โรงเรียนชลราษฎรอำรุง ถือกำเนิดโดย หลวงวรพินิจบุรพการได้อุทิศเรือนหลังหนึ่งสร้างเป็นโรงเรียนขึ้นที่วัดต้นสนเมื่อปี พ.ศ. 2441 ชื่อโรงเรียนบุรพการ ต่อมาได้ยกฐานะเป็นโรงเรียนประจำจังหวัดชลบุรีเมื่อปี พ.ศ. 2443

        เมื่อ พ.ศ. 2457 โรงเรียนประจำจังหวัดชลบุรี(บุรพการ) และโรงเรียนอุดมพิทยากรรวมเป็นโรงเรียนเดียวกัน เรียกว่า โรงเรียนประจำจังหวัดชลบุรี เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาที่บุรพการ และระดับประถมศึกษาที่อุดมพิทยากร ต่อมาชาวชลบุรีได้ร่วมกันบริจาคสมทบทุนสร้างโรงเรียนประจำจังหวัดชลบุรีที่โรงเรียนอนุบาลชลบุรีในปัจจุบัน แล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2460 ได้ย้ายนักเรียนทั้งสองโรงเรียนมาเรียนรวมกันเป็นเอกเทศ เปิดการเรียนการสอนแบบสหศึกษา โรงเรียนได้พัฒนาทั้งทางด้านการจัดการศึกษา ปริมาณนักเรียนและอาคารสถานที่ตลอดมาจนกระทั่งทางราชการสั่งให้แยกนักเรียนเป็นชายและหญิง เมื่อ วันที่ 24 พฤศจิกายน 2474 สหศึกษาจึงเลิกไป แต่โรงเรียนสตรียังไม่มีสถานที่จึงอาศัยเรียนร่วมกันไปก่อน และแยกออกไปเป็น โรงเรียนชลกันยานุกูล เมื่อ วันที่ 10 กันยายน 2479 โรงเรียนได้เติบโตมาโดยตลอดโดยเฉพาะด้านปริมาณนักเรียนสถานที่โรงเรียนคับแคบไป จึงย้ายโรงเรียนไปตั้งที่ใหม่บริเวณศูนย์การค้าวรพรต

        วันที่ 3 มิถุนายน 2484 เป็นวันแรกที่ย้ายโรงเรียนจากสถานที่เดิมมาตั้งใหม่ที่บริเวณถนนสุขุมวิท บนเนื้อที่ประมาณ 13 ไร่ ของวัดอรัญญิกาวาส เพื่อขยายโรงเรียนให้กว้างขึ้น หลังจากนั้นโรงเรียนได้พัฒนาการสอนโดยเปิดสอนระดับเตรียมอุดมศึกษาและเปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่เป็น โรงเรียนชลราษฎรอำรุง ในปัจจุบัน ชาวส้ม-ฟ้า จึงถือว่า วันที่ 3 มิถุนายน ของทุกปีเป็นวันคล้ายวันสถาปนาโรงเรียน

        เมื่อ พ.ศ. 2501 โรงเรียนชลราษฎรอำรุงเข้าโครงการโรงเรียนมัธยมแบบประสมรุ่นที่ 4 กรมวิสามัญได้ส่งเจ้าหน้าที่มาสำรวจโรงเรียน เพื่อดำเนินการสร้างอาคารเรียนและอารารประกอบ แต่ไม่สามารถขยายโรงเรียนได้ตามโครงการได้ นายนารถ มนตเสวี ผู้ว่าราชการจังหวัดชลบุรีในสมัยนั้น ได้มองเห็นถึงความสำคัญและประโยชน์ของการศึกษา ได้พิจารณาจัดสรรที่ดินของกองทัพอากาศไทยประมาณ 70 ไร่บริเวณสี่แยกบ้านสวนริมถนนสุขุมวิทติดกับถนนวิรัชศิลป์ และแยกวิรัชศิลป์ริมถนนวิรัชศิลป์กับถนนพระยาสัจจา ให้เป็นที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบัน